關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告

國家稅務總局公告2012年第57號 發布日期：2012-12-27

為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的征收管理，根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例、《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則和《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預〔2012〕40號）等文件的精神，國家稅務總局制定了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》?，F予發布，自2013年1月1日起施行。
特此公告。

跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法

第一章 總 則
第一條 為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的征收管理，根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例（以下簡稱《企業所得稅法》）、《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則（以下簡稱《征收管理法》）和《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預〔2012〕40號）等的有關規定，制定本辦法。

第二條 居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業），除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法。


國有郵政企業（包括中國郵政集團公司及其控股公司和直屬單位）、中國工商銀行股份有限公司、中國農業銀行股份有限公司、中國銀行股份有限公司、國家開發銀行股份有限公司、中國農業發展銀行、中國進出口銀行、中國投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國信達資產管理股份有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司、海洋石油天然氣企業（包括中國海洋石油總公司、中海石油（中國）有限公司、中海油田服務股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中國長江電力股份有限公司等企業繳納的企業所得稅（包括滯納金、罰款）為中央收入，全額上繳中央國庫，其企業所得稅征收管理不適用本辦法。
鐵路運輸企業所得稅征收管理不適用本辦法。
第三條 匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法：
（一）統一計算，是指總機構統一計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
（二）分級管理，是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
（三）就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
（四）匯總清算，是指在年度終了后，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補。
（五）財政調庫，是指財政部定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。
第四條 總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。
二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。

第五條 以下二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅：
（一）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
（二）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。
（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。
（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
（五）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。

第二章 稅款預繳和匯算清繳
第六條 匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預〔2012〕40號文件第五條等相關規定執行。

第七條 企業所得稅分月或者分季預繳，由總機構所在地主管稅務機關具體核定。
匯總納稅企業應根據當期實際利潤額，按照本辦法規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳；在規定期限內按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照本辦法規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳。預繳方法一經確定，當年度不得變更。

第八條 總機構應將本期企業應納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了后15日內就地申報預繳。總機構應將本期企業應納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構應分攤的比例，在各分支機構之間進行分攤，并及時通知到各分支機構；各分支機構應在每月或季度終了之日起15日內，就其分攤的所得稅額就地申報預繳。
分支機構未按稅款分配數額預繳所得稅造成少繳稅款的，主管稅務機關應按照《征收管理法》的有關規定對其處罰，并將處罰結果通知總機構所在地主管稅務機關。

第九條 匯總納稅企業預繳申報時，總機構除報送企業所得稅預繳申報表和企業當期財務報表外，還應報送匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）；分支機構除報送企業所得稅預繳申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表。
在一個納稅年度內，各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）原則上只需要報送一次。

第十條 匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業在納稅年度內預繳企業所得稅稅款少于全年應繳企業所得稅稅款的，應在匯算清繳期內由總、分機構分別結清應繳的企業所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定分別辦理退稅，或者經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。

第十一條 匯總納稅企業匯算清繳時，總機構除報送企業所得稅年度納稅申報表和年度財務報表外，還應報送匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表和各分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明；分支機構除報送企業所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）和分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明。
分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明，可參照企業所得稅年度納稅申報表附表“納稅調整項目明細表”中列明的項目進行說明，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。

第十二條 分支機構未按規定報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，分支機構所在地主管稅務機關應責成該分支機構在申報期內報送，同時提請總機構所在地主管稅務機關督促總機構按照規定提供上述分配表；分支機構在申報期內不提供的，由分支機構所在地主管稅務機關對分支機構按照《征收管理法》的有關規定予以處罰；屬于總機構未向分支機構提供分配表的，分支機構所在地主管稅務機關還應提請總機構所在地主管稅務機關對總機構按照《征收管理法》的有關規定予以處罰。

第三章 總分機構分攤稅款的計算
第十三條 總機構按以下公式計算分攤稅款：總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％

第十四條 分支機構按以下公式計算分攤稅款：
所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例

第十五條 總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。
計算公式如下：
某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30
分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。

第十六條 總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非本辦法第四條規定的二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
匯總納稅企業當年由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，并作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
匯總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合并、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。

第十七條 本辦法所稱分支機構營業收入，是指分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等日常經營活動實現的全部收入。其中，生產經營企業分支機構營業收入是指生產經營企業分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等取得的全部收入。金融企業分支機構營業收入是指金融企業分支機構取得的利息、手續費、傭金等全部收入。保險企業分支機構營業收入是指保險企業分支機構取得的保費等全部收入。


本辦法所稱分支機構職工薪酬，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予各種形式的報酬以及其他相關支出。
本辦法所稱分支機構資產總額，是指分支機構在經營活動中實際使用的應歸屬于該分支機構的資產合計額。
本辦法所稱上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。
一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構營業收入、職工薪酬和資產總額數據，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整。
第十八條 對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。

第十九條 分支機構所在地主管稅務機關應根據經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）等，對其主管分支機構計算分攤稅款比例的三個因素、計算的分攤稅款比例和應分攤繳納的所得稅稅款進行查驗核對；對查驗項目有異議的，應于收到匯總納稅企業分支機構所得稅分配表后30日內向企業總機構所在地主管稅務機關提出書面復核建議，并附送相關數據資料。
總機構所在地主管稅務機關必須于收到復核建議后30日內，對分攤稅款的比例進行復核，作出調整或維持原比例的決定，并將復核結果函復分支機構所在地主管稅務機關。分支機構所在地主管稅務機關應執行總機構所在地主管稅務機關的復核決定。
總機構所在地主管稅務機關未在規定時間內復核并函復復核結果的，上級稅務機關應對總機構所在地主管稅務機關按照有關規定進行處理。
復核期間，分支機構應先按總機構確定的分攤比例申報繳納稅款。

第二十條 匯總納稅企業未按照規定準確計算分攤稅款，造成總機構與分支機構之間同時存在一方（或幾方）多繳另一方（或幾方）少繳稅款的，其總機構或分支機構分攤繳納的企業所得稅低于按本辦法規定計算分攤的數額的，應在下一稅款繳納期內，由總機構將按本辦法規定計算分攤的稅款差額分攤到總機構或分支機構補繳；其總機構或分支機構就地繳納的企業所得稅高于按本辦法規定計算分攤的數額的，應在下一稅款繳納期內，由總機構將按本辦法規定計算分攤的稅款差額從總機構或分支機構的分攤稅款中扣減。

第四章 日常管理
第二十一條 匯總納稅企業總機構和分支機構應依法辦理稅務登記，接受所在地主管稅務機關的監督和管理。

第二十二條 總機構應將其所有二級及以下分支機構（包括本辦法第五條規定的分支機構）信息報其所在地主管稅務機關備案，內容包括分支機構名稱、層級、地址、郵編、納稅人識別號及企業所得稅主管稅務機關名稱、地址和郵編。
分支機構（包括本辦法第五條規定的分支機構）應將其總機構、上級分支機構和下屬分支機構信息報其所在地主管稅務機關備案，內容包括總機構、上級機構和下屬分支機構名稱、層級、地址、郵編、納稅人識別號及企業所得稅主管稅務機關名稱、地址和郵編。
上述備案信息發生變化的，除另有規定外，應在內容變化后30日內報總機構和分支機構所在地主管稅務機關備案，并辦理變更稅務登記。
分支機構注銷稅務登記后15日內，總機構應將分支機構注銷情況報所在地主管稅務機關備案，并辦理變更稅務登記。

第二十三條 以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，應在預繳申報期內向其所在地主管稅務機關報送非法人營業執照（或登記證書）的復印件、由總機構出具的二級及以下分支機構的有效證明和支持有效證明的相關材料（包括總機構撥款證明、總分機構協議或合同、公司章程、管理制度等），證明其二級及以下分支機構身份。
二級及以下分支機構所在地主管稅務機關應對二級及以下分支機構進行審核鑒定，對應按本辦法規定就地分攤繳納企業所得稅的二級分支機構，應督促其及時就地繳納企業所得稅。

第二十四條 以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行本辦法的相關規定。
按上款規定視同獨立納稅人的分支機構，其獨立納稅人身份一個年度內不得變更。
匯總納稅企業以后年度改變組織結構的，該分支機構應按本辦法第二十三條規定報送相關證據，分支機構所在地主管稅務機關重新進行審核鑒定。飛狼財稅通編注：根據2015.02.02 國家稅務總局公告2015年第6號《國家稅務總局關于3項企業所得稅事項取消審批后加強后續管理的公告》自2015年1月1日起廢止本文第二十四條第三款“匯總納稅企業以后年度改變組織結構的，該分支機構應按本辦法第二十三條規定報送相關證據，分支機構所在地主管稅務機關重新進行審核鑒定”的規定。


第二十五條 匯總納稅企業發生的資產損失，應按以下規定申報扣除：
（一）總機構及二級分支機構發生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發生的資產損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構，由二級分支機構統一申報。
（二）總機構對各分支機構上報的資產損失，除稅務機關另有規定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
（三）總機構將分支機構所屬資產捆綁打包轉讓所發生的資產損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。
二級分支機構所在地主管稅務機關應對二級分支機構申報扣除的資產損失強化后續管理。

第二十六條 對于按照稅收法律、法規和其他規定，由分支機構所在地主管稅務機關管理的企業所得稅優惠事項，分支機構所在地主管稅務機關應加強審批（核）、備案管理，并通過評估、檢查和臺賬管理等手段，加強后續管理。

第二十七條 總機構所在地主管稅務機關應加強對匯總納稅企業申報繳納企業所得稅的管理，可以對企業自行實施稅務檢查，也可以與二級分支機構所在地主管稅務機關聯合實施稅務檢查。
總機構所在地主管稅務機關應對查實項目按照《企業所得稅法》的規定統一計算查增的應納稅所得額和應納稅額。
總機構應將查補所得稅款（包括滯納金、罰款，下同）的50%按照本辦法第十五條規定計算的分攤比例，分攤給各分支機構（不包括本辦法第五條規定的分支機構）繳納，各分支機構根據分攤查補稅款就地辦理繳庫；50%分攤給總機構繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫。具體的稅款繳庫程序按照財預〔2012〕40號文件第五條等相關規定執行。
匯總納稅企業繳納查補所得稅款時，總機構應向其所在地主管稅務機關報送匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和總機構所在地主管稅務機關出具的稅務檢查結論，各分支機構也應向其所在地主管稅務機關報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和稅務檢查結論。

第二十八條 二級分支機構所在地主管稅務機關應配合總機構所在地主管稅務機關對其主管二級分支機構實施稅務檢查，也可以自行對該二級分支機構實施稅務檢查。
二級分支機構所在地主管稅務機關自行對其主管二級分支機構實施稅務檢查，可對查實項目按照《企業所得稅法》的規定自行計算查增的應納稅所得額和應納稅額。
計算查增的應納稅所得額時，應減除允許彌補的匯總納稅企業以前年度虧損；對于需由總機構統一計算的稅前扣除項目，不得由分支機構自行計算調整。
二級分支機構應將查補所得稅款的50%分攤給總機構繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫；50%分攤給該二級分支機構就地辦理繳庫。具體的稅款繳庫程序按照財預〔2012〕40號文件第五條等相關規定執行。
匯總納稅企業繳納查補所得稅款時，總機構應向其所在地主管稅務機關報送經二級分支機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和二級分支機構所在地主管稅務機關出具的稅務檢查結論，二級分支機構也應向其所在地主管稅務機關報送匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和稅務檢查結論。

第二十九條 稅務機關應將匯總納稅企業總機構、分支機構的稅務登記信息、備案信息、總機構出具的分支機構有效證明情況及分支機構審核鑒定情況、企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表和年度納稅申報表、匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）、企業所得稅款入庫情況、資產損失情況、稅收優惠情況、各分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明、稅務檢查及查補稅款分攤和入庫情況等信息，定期分省匯總上傳至國家稅務總局跨地區經營匯總納稅企業管理信息交換平臺。

第三十條 2008年底之前已成立的匯總納稅企業，2009年起新設立的分支機構，其企業所得稅的征管部門應與總機構企業所得稅征管部門一致；2009年起新增匯總納稅企業，其分支機構企業所得稅的管理部門也應與總機構企業所得稅管理部門一致。

第三十一條 匯總納稅企業不得核定征收企業所得稅。

第五章 附 則
第三十二條 居民企業在中國境內沒有跨地區設立不具有法人資格分支機構，僅在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市（以下稱同一地區）內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局參照本辦法聯合制定。
居民企業在中國境內既跨地區設立不具有法人資格分支機構，又在同一地區內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅征收管理實行本辦法。

第三十三條 本辦法自2013年1月1日起施行。
《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）、《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理有關問題的通知》（國稅函〔2008〕747號）、《國家稅務總局關于跨地區經營外商獨資銀行匯總納稅問題的通知》（國稅函〔2008〕958號）、《國家稅務總局關于華能國際電力股份有限公司匯總計算繳納企業所得稅問題的通知》（國稅函〔2009〕33號）、《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函〔2009〕221號）和《國家稅務總局關于華能國際電力股份有限公司所屬分支機構2008年度預繳企業所得稅款問題的通知》（國稅函〔2009〕674號）同時廢止。
《國家稅務總局關于發布〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表〉等報表的公告》（稅務總局公告2011年第64號）和《國家稅務總局關于發布〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表〉等報表的補充公告》（稅務總局公告2011年第76號）規定與本辦法不一致的，按本辦法執行。
附：國家稅務總局解讀《國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告》
為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的征收管理，根據《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預〔2012〕40號）（以下簡稱40號文件）等的精神，稅務總局在充分調查研究的基礎上，對《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法>的通知》（國稅發〔2008〕28號）（以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善，制定了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（以下簡稱《辦法》），并發布公告。現將《辦法》的主要內容解讀如下：
一、如何把握40號文件的主要政策變化點？
與《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發<跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法>的通知》（財預〔2008〕10號)相比，40號文件的政策變化點主要體現在：（1）明確總分機構參與匯算清繳稅款分配，即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構就地辦理稅款繳庫或退庫，改變了匯繳補退稅均通過中央國庫辦理、總分機構都不參與就地分享的做法。（2）明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監管的政策瓶頸。（3）不適用范圍的調整，企業所得稅全額歸屬中央收入的企業由14家調整為15家。（4）分支機構“三因素”所屬區間的調整，統一確定為上年度，不再區分上上年度和上年度。（5）明確當年撤銷的分支機構自辦理注銷稅務登記之日起不參與分攤，不再從第二年起才不參與分攤。（6）采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經營收入”改為“營業收入”，“職工工資”調整為“職工薪酬”，對“資產總額”的解釋不再排除無形資產。（7）增設和修訂了若干預算科目。這些政策變化點，都已完整地體現在《辦法》相關條款中。
二、現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管的文件主要有哪些？《辦法》與這些文件的關系是什么？
現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管方面的文件，主要包括28號文件、國稅函〔2008〕747號、國稅函〔2008〕958號、國稅函〔2009〕221號、國稅發〔2009〕79號、國稅發〔2008〕120號、稅務總局公告2011年第25號、稅務總局公告2012年第12號等文件，其中，28號文件是核心規定，其他文件是重要補充。
《辦法》以28號文件為母版進行了增減修訂，增加了二級分支機構判定（第四條、第二十三條、第二十四條）、不同稅率地區計算（第十八條）和計算差錯糾正（第二十條）（來自國稅函〔2009〕221號），新設分支機構判定（第十六條）（來自國稅函〔2008〕958號），分支機構匯繳報送資料（第十一條）（來自國稅函〔2009〕221號、國稅發〔2009〕79號），資產損失管理（第二十五條）（來自稅務總局公告2011年第25號），稅收優惠管理（第二十六條）（來自稅務總局公告2012年第12號），不得核定征收（第三十一條）（來自國稅函〔2008〕747號），征管范圍劃分（第三十條）（來自國稅發〔2008〕120號）等很多現行有效規定，并進行了更為準確和精煉地表述。
三、如何把握《辦法》的基本框架和主要內容？
《辦法》共三十三條，分為總則、稅款預繳和匯算清繳、總分機構分攤稅款的計算、日常管理、附則等五部分。具體來說：
第一章：總則（共五條）。主要包括立法依據、適用范圍、總體管理辦法等規定，解決了《辦法》中一般性和總括性的重要問題。
第二章：稅款預繳和匯算清繳（共七條）。主要包括稅款分配基本格局、預繳申報和匯繳申報的內容，屬于匯總納稅企業所得稅征收管理中的征收部分，突出了匯繳申報中分支機構分配表（第十一條）的作用，明確首次預繳申報時報送分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）（第九條），以利于相互比對，也有利于就地啟動稅務檢查。
第三章：總分機構分攤稅款的計算（共八條）。概括了總機構、分支機構計算分攤稅款的全過程，與28號文件相比，這一計算過程更加完整和系統，突出強調了總機構計算公式（第十三條）、分支機構計算公式（第十四條）、分支機構“三因素”所屬區間（第十七條）、總分機構不同稅率情況下的計算（第十八條）和計算錯誤的處理（第二十條）。
第四章：日常管理（共十一條）。初步搭建了一個涵蓋稅務登記信息溝通、二級分支機構判定、掛靠機構處理、資產損失管理、稅收優惠管理、稅務檢查（稅款計算、分配、信息溝通）、信息平臺建設和維護、總分機構主管稅務機關劃分、征收方式鑒定等較為系統的日常管理體系。突出了溝通與協作的重要性（第四章），強調了就地監管機制中“二級分支機構判定”（第二十三條、二十四條）和“就地檢查”（第二十七條、二十八條）的管理抓手作用。
第五章：附則（共兩條）。包括授權條款、施行時間、廢除文件和新舊銜接條款。
四、跨地區經營匯總納稅企業如何進行企業所得稅匯算清繳？
《辦法》第十條規定：匯總納稅企業匯算清繳時，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。同時明確：涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。第十一條規定了總分支機構匯算清繳時應報送的申報表、財務報表及其他相關資料。
納稅人關注的是分支機構是否要實質地參與匯算清繳，是否進行年度納稅調整，從上述規定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。
五、對二級分支機構查補稅款如何計算？如何在總分機構之間進行分攤？依據的原則是什么？
稅務總局廣泛征求了財政部、各省市國地稅局以及部分納稅人的意見。綜合各方反饋意見，對二級分支機構查補稅款計算與分攤入庫問題的處理要遵循三個原則，一是要堅持法人所得稅制，二是要遵循40號文件的基本分配框架，三是要盡量提高二級分支機構所在地稅務機關就地監管的積極性。
基于此，《辦法》第二十八條明確，二級分支機構所在地主管稅務機關可自行對其主管二級分支機構實施稅務檢查，但對查補稅款的計算應按照法人所得稅制的要求進行，不得侵犯納稅人的合法權益。同時明確，對二級分支機構的查補稅款，50%應分配給總機構繳納（總機構所在地和中央國庫待分配賬戶各占25%），50%分配給參與檢查的二級分支機構繳納，沒參與檢查的其他二級分支機構不參與查補稅款的分配。這樣，既堅持了40號文件的基本分配格局，又適當體現了對就地監管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，對這一問題的處理，也將在稅務總局與財政部、中國人民銀行聯合發布的文件中得到體現。
六、跨地區經營匯總納稅企業哪些機構就地分攤繳納企業所得稅？哪些機構不就地分攤繳納企業所得稅？
（一）就地分攤繳納企業所得稅的機構。《辦法》第四條規定：總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。這是對二級分支機構法律形式和運營特點的一般概括。
辦法同時明確了一種視同二級分支機構的情形，屬于二級分支機構特例。第十六條第一款規定：總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非辦法第四條規定的二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
（二）不就地分攤繳納企業所得稅的機構?！掇k法》第五條明確了不就地分攤繳納企業所得稅的二級分支機構，具體包括：（1）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。（2）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。（3）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。（4）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。（5）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
對新設立的二級分支機構，第十六條第二款、第三款明確了兩種例外情形，即不視同新設二級分支機構的情形，主要考慮這些機構之前已經存在并已就地分攤繳納稅款，重組之后繼續作為二級分支機構管理的，按照實質重于形式的原則，不應作為新設分支機構，應該按規定繼續計算分攤并就地繳納稅款。具體包括企業外部重組與內部重組兩種情形：（1）匯總納稅企業當年由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，并作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。（2）匯總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合并、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構,應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
七、分支機構計算分攤稅款的三個因素如何確定？計算分攤稅款的比例是否調整？
（一）“三因素”的確定?！掇k法》第十五條明確規定，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例。這就將“三因素”的所屬區間統一限定為“上年度”，改變了28號文件對“三因素”所屬區間“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的規定，保證了一個納稅年度內上半年預繳、下半年預繳以及匯算清繳都采用一個所屬區間的“三因素”數額計算分配比例，還可以克服新設立企業第二年上半年因沒有上上年度“三因素”數額而無法參與就地分攤繳稅的問題。
第十七條又細化了“三因素”的具體所屬區間和具體內涵，即上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。明確了“三因素”是會計核算數據，而不是《企業所得稅法》規定的概念，不需要進行納稅調整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構主管稅務機關之間的分歧。
（二）分攤稅款比例的調整。第十五條規定，分支機構分攤比例按《辦法》規定方法一經確定后，當年一般不作調整，即在當年預繳稅款和匯算清繳時均采用同一分攤比例。針對上市公司等在首次預繳分攤采用的“三因素”與其后經過注冊會計師審計的“三因素”數據存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構“三因素”數據，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整，保證了年度內分攤比例的一致性。
同時，第十五條也針對個別情況規定了例外情形，即出現《辦法》第五條第（四）項（當年撤銷分支機構不再參與分攤）和第十六條第二款（總機構設立具有主體生產經營職能部門視同分支機構，參與分攤）、第三款（企業外部重組與內部重組形成新分支機構不視同新設分支機構，參與分攤）情形外，應重新計算分攤比例?？紤]到這是例外情形，并不會對分配比例的一致性造成沖擊。
八、跨地區經營匯總納稅企業2012年度匯算清繳是否適用該《辦法》？2013年度預繳企業所得稅款時如何與現行的預繳申報表銜接？
40號文件和《辦法》均自2013年1月1日起施行，考慮到企業所得稅“按年計算，分月或分季預繳，年終匯算清繳”的特點，匯總納稅企業2012年度企業所得稅匯算清繳時仍適用財預〔2008〕10號文件和28號文件，不適用40號文件和《辦法》。
考慮到40號文件與財預〔2008〕10號文件相比，跨地區經營匯總納稅企業所得稅分配及預算管理格局并無實質調整，不擬同步修訂現行的匯總納稅企業所得稅預繳申報表和分支機構所得稅分配表。匯總納稅企業2013年度開始預繳企業所得稅時，仍可按《國家稅務總局關于發布<中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表>等報表的公告》（稅務總局公告2011年第64號）和《國家稅務總局關于發布<中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表>等報表的補充公告》（稅務總局公告2011年第76號）規定的表格進行稅款分配和預繳，表格中項目內容與《辦法》不一致的，按《辦法》執行。